1940年9月,德、意、日三国成立联盟。山本五十六被录用为日本连系舰队总司令,并不得不“违反自己的意愿”,接管呼吁对美、英、荷等国开战。1941后12月8日零时,山本五十六亲自下达了“1280”密码呼吁,并亲自率领戎行狙击美国珍珠港,从而对美军承平洋舰队造成重创,大胜而归。随后山本五十六建议与美国媾和,但定见未被采纳。在批示半途岛战争时,因为计谋上的重大失误,日本水兵蒙受惨重损失。形势陡然逆转,美军攻势如虹,日军兵败如山倒。瓜达康纳岛上有三万多名日本陆军,他们遭到了美军飞机的日夜轰炸,陷于绝境。山本五十六派出舰队炮击美军基地,协助尚存的陆军平安猬缩。1943年4月18日,山本五十六为了鼓舞前方戎行的士气,乘坐一架轰炸机到前方考察。没想到日军的密码被美军窃取,美军派出空军机队将山本五十六的座机击落,一代甲士山本五十六就此碎尸于承平洋上空。