第二集中,尼奥(基努·里维斯KeanuReeves饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于晕厥,思惟却被困在介于“母体”和真实世界的中心地带,这个处所由“火车人”节制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰)等人知道了尼奥的情形,在守护天使的率领下,找到了“火车人”的节制者梅罗纹奇,经由一番激斗,将尼奥救了出来。此时,电子乌贼戎行对锡安倡议了狠恶的抨击袭击,人类组织所有机甲战士睁开执拗的抵当,形势危在夙夜迟早;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船战胜重重坚苦,达到机械城市,尼奥终于见到了机械世界的统治者“机械大帝”,双方构和并告竣了和谈:尼奥除失踪不受“母体”节制的史姑娘,以换取锡安的和平。在“母体”中,尼奥和史姑娘睁开了关系人类死活死活的最后决战。